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比较13种不同的CRISPR-Cas9剪刀

作者:生物通 时间:2020-06-30 16:59:00

这项研究超过了以往只最多评估三个Cas9系统的报告。新研究比较了13SpCas9变体,并确定了哪四个核苷酸序列可以用作原间隔区相邻基序(PAM)。

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CRISPR-Cas9已成为切割特定DNA序列最方便、最有效的生物技术工具之一。从化脓性链球菌Cas9SpCas9)开始,世界范围内已经有许多变种被设计并用于实验。尽管所有这些系统都是靶向和切割特定的DNA序列,但它们也表现出相对较高的非靶向活性,具有潜在的有害影响。

Hyungbum Henry Kim教授领导的基础科学研究所(IBS,韩国)纳米医学中心的研究团队,对CRISPR-Cas9的活性进行了最广泛的高通量分析。研究小组开发了基于深度学习的计算模型,可以预测不同DNA序列的SpCas9变体的活性。这项研究发表在《Nature Biotechnology》杂志上,为选择最合适的SpCas9变体提供了有用的指导。


这项研究超过了以往只最多评估三个Cas9系统的报告。新研究比较了13SpCas9变体,并确定了哪四个核苷酸序列可以用作原间隔区相邻基序(PAM)。

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此外,他们评估了六种不同的高保真SpCas9变体的特异性,发现evoCas9的特异性最高,而原始野生型SpCas9的特异性最低。尽管evoCas9是非常特异的,但它在许多靶序列上也显示出低活性:这些结果暗示,根据DNA靶序列,其他高保真Cas9变体可能是首选。

基于这些结果,IBS研究人员开发了DeepSpCas9variants,一种预测SpCas9变体活性的计算工具。通过访问这个公共网站,用户可以输入所需的DNA目标序列,找出最合适的SpCas9变体,并充分利用CRISPR技。(http://deepcrispr.info/DeepSpCas9variants/

“我们开始这项研究时,我们注意到在不同的SpCas9变种之间缺乏系统的比较,”Kim说。“现在,研究人员可以使用DeepSpCas9variants,为自己的研究目的选择最合适的SpCas9变体。”


原文检索:Prediction of the sequence-specific cleavage activity of Cas9 variants



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